DNA به وسیله روش های مختلفی می تواند استخراج شود و فرایند های پایین دستی تعیین کننده خلوص DNA می باشد. که برای این فرایند کمپانی مختلفی روش های متفاوتی را برای استخراج DNA ارائه داده اند.

خصوصیات مشترک تکنولوژی های استخراج DNA:

استخراج به روش Anion-exchange تقریبا ۲ برابر خالص سازی به روش گرادیانت CsCl  می باشد. اسید نوکلئیک استخراج شده دارای کیفیت بالایی بوده و برای فرایندهای پایین دستی از جمله transfection و میکروانجکشن، تعیین توالی و ژن درمانی مناسب می باشد.

استحراج به روش Silica-membrane بسیار مناسب برای فرایندهای بیولوژی مولکولی و تحقیقات بالینی مانند هضم انزیمی، ligation، labeling، و تعیین توالی به روش radioactive و fluorescent  می باشد.

تکنولوژیMagnetic-particle دارای خلوص بالا برای اسیدنوکلئیک و بسیار مناسب برای کاربردهای بیولوژی مولکولی در بحث بالینی می باشد. مانند هضم انزیمی، ligation، labeling، amplification ، تعیین توالی به روش radioactive و fluorescent  است.این روش می تواند بصورت اتوماتیک انجام بگیرد. که از لحاظ صرفه جویی در وقت، کم هزینه بودن و همچنین استحراج با خلوص بالا بسیار مفید باشد.

کارکردن با DNA

DNA مولکول نسبتا پایداری می باشد. اگرچه باید از در معرض قرار گرفتن در برابر نوکلئازها جلوگیری شود. ژنومیک DNA مولکول بزرگی می باشد بنابراین بسیار شکننده است و می تواند براحتی شکسته شود. بنابراین از پیپتاژ و ورتکس آن باید خودداری کرد. برای نگهداری DNA جهت جلوگیری از هیدرولیز اسیدی باید در بافر TE نگهداری شود. pH=7.4

اندازه گیری اسپکتروفتومتری غلظت DNA 

غلضت DNA و RNA به وسیله اندازه گیری جذب در طول موج ۲۶۰ نانومتر باید انجام بگیرد.

DNA خالص باید نسبت جذب A₂₆₀/A₂₈₀  بین ۱٫۸-۲ در بافر ۱۰mM Tris·Cl, pH 8.5. داشته باشد.

جذب بالا در ناحیه A₂₈₀  باعث کاهش نسبت A₂₆₀/A₂₈₀ شده که نشاندهنده حضور الودگی هایی نظیر پروتیین می باشد.

جذب بالا در ناحیه ۲۷۰ نانومتر و ۲۷۵ نانومتر نشاندهنده حضور الودگی فنلی می باشد.

جذب در ۳۲۵ نانومتر نشاندهنده الودگی به وسیله ذرات محلول و یا کذورت کووت می باشد.

نگهداری نمونه برای استخراج DNA

کیفیت مواد و نمونه های اولیه در بازده استخراج DNA تاثیرگذار می باشد. بافت ها و سلول های تازه بازده بیشتری دارند. اگر امکان استفاده سریع از نمونه نمی باشد باید در شرایط خاصی که باعث تخریب DNA نشود نگهداری شود. به طور کلی بازده استحراج   DNAژنومیک کاهش پیدا میکند اگر نمونه بخصوص نمونه های حیوانی در شرایط ۲-۸ درجه سانتی گراد و یا -۲۰درجه سانتی گراد بدون تیمار خاصی نگهداری شوند.

علاوه بر ان از فریز و دفریز شدن نمونه جلوگیری باید شود. شرایط نگهداری نمونه در زیر توضیح داده می شود.

خون:

ماده ضد انعقاد باید به نمونه های خون اضافه شود. برای مثال نمونه ای خونی که با هپارین و EDTA تیمار     شده اند را می توان برای مدت چندروز در دمای ۲-۸ درجه سانتیگراد نگهداری کرد. و یا در دمای -۲۰ درجه سانتیگراد و یا -۸۰درجه سانتیگراد برای چند هفته قابلیت نگهداری دارند.

دیگر نمونه های بالینی:

بیشتر مایعات بیولوژیک مانند سرم، پلاسما، ادرار و مدفوع می توان در دمای ۲-۸درجه سانتیگراد برای چندین ساعت نگهداری کرد. ولی برای طولانی مدت پیشنهاد میشود. در دمای -۲۰ و یا -۸۰ درجه سانتی گراد نگهدار شود.

برای بافت های پارافینه که برای تشحیص های بالینی استفاده میشوند. براساس نمونه بافت، سرعت تخریب بیومولکول، شرایط متفاوت میشود ولی پروسه اماده سازی و فیکس کردن باید خیلی سریع صورت پذیرد.

بافت های حیوانی:

بافت تازه گرفته شده را می توان در  دمای ۲۰ -و  -۸۰ درجه سانتیگراد و یا در نیتروژن مایع نگداری کرد.

بافت های حیوانی و انسانی را میتوان بصورت فیکس شده نگهداری کرد که پیشنهاد ما برای فیکس کردن نمونه استفاده از الکل و یا فرمالین می باشد. اگرچه نگهداری طولانی مدت بافت به همراه فرمالین می توان باعث تغییرات شیمیایی در ساختار DNA شود.

سلول های حیوانی و مخمر و باکتریایی

سانتریفیوژ کردن محیط کشت و جداسازی سوپناتانت و نگهداری در دمی -۲۰ و -۸۰درجه سانتیگراد.

نمونه های گیاهی

برگ و ساقه تازه گونه های گیاهی می توانند برای ۲۴ ساعت در دمای ۴ درجه سانتیگراد بدون  اسیب دیدن DNA نگهداری شوند. بطور کلی نمونه ای که برای بیشتر از ۲۴ ساعت نگهداری میشود باید درمای -۸۰ درجه سانتیگراد باشد.