بعضی نمونه ها دارای زیر واحدهایی هستند که برای جداسازی DNA و آنالیز آن مشکلاتی را بوجود می­ آورند.

تمهیدات خاصی برای کارکردن با این نمونه ها لازم است که در ادامه به آنها اشاره می­ شود.

خون:

نمونه های خون انسانی معمولا برای انالیز بالینی جمع اوری می شود. خون معمولا شامل تعدادی از انزیم های مهار کننده می باشد که آنالیز های پایین دستی DNA را بامشکل مواجه میکند. علاوه برآن مواد ضدانعقادی مانند هپارین و EDTA می تواند مشکل زا باشد. استخراج DNA از خون نیازمند روشی برای بازدهی بالای DNA  بدون آلودگی های و یا آنزیم های مهارکننده می باشد.

در حیوانات اریتروسیت ها از پرندگان، ماهی ها، که شامل هسته و ژنومیک DNA در حالیکه دیگر پستانداران فاقد آن هستند. بنابراین جداسازی اریتروسیت ها می تواند در بازدهی DNA مفید باشد.

بافت های حیوانی و سلول:

سلول های حیوانی و بیشتر بافت های حیوانی می توانند به راحتی بوسیله بافر لیز و پروتئاز و پروتئیناز K لیز شوند.

نمونه ای فریز شده باید به قطعات کوچکتری تقسیم شوند که بافز لیز عمل کند. استفاده از لیز مکانیکی و یا هموژنایزرها می تواند زمان لیز شدن را کاهش دهد.  برای بافت های فیکس شده باید ماده فیکس کننده جدا شود که این کار بوسیله شستشوی بافت در بافر PBS امکان پذیر است. پارافین نیز باید از نمونه بافتی جدا شود که این کار تسط شستشوی در گزایلین و همچنین اتانول انجام می گیرد.

مخمر:

مخمرها ابتدا باید بوسیله lyticase و یا zymolase  تیمار شوند برای از بین بردن دیواره سلولی. اسفروپلاست باقیمانده بوسیله سانتریفیوژ جدا می شود و سپس لیز سلولی بوسیله بافر لیز و پروتئیناز صورت می گیرد.

باکتری:

بیشتر باکتری ها می توان به وسیله بافر لیز و پروتئاز لیز کرد . بعضی باکتری های مانندگرم مثبت ها نیازمند پیش تیمار بوسیله انزیم هایی مانند  lysozyme or lysostaphinبرای لیز دیواره سخت و چند لایه هستند.

ویروس ها:

در کاربردهای کلینیکال، DNA ویروسی اغلب از مایعات cell-free body  استخراج می شوند.  جایی که مقدار DNA پایین است. پارتیکل های ویروسی شاید به فرایند تغلیظ بوسیله اولتراسانتریقیوژو یا اولترا فیلتراسیون نیاز داشته باشند. اضافه کردن ناقل های DNA ممکن است برای استخراج DNA لازم باشد.

استخراج DNA مانند پروسه استخراج DNAژنومیک می باشد.

گیاهان:

استخراج DNA از گیاهان یک چالش بزرگ محسوب میشود. متابولیت های ثانویه زیادی در گیاهان وجود دارد که جداسازی انها از DNA را مشکل می سازد.  خالص سازی همزمان متابولیت ها و الودگی ها به وسیله پروسه خالص سازی مانند استفاده از نمک و یا فنل می تواند با عث مهار واکنش های انزیماتیک و یا اختلاف در فرایند اسپکتروسکوپی و مهاجرت برروی ژل ایجاد کند.

استحراج DNA معمولا با کنترل شرایط رشد سلولی که باعث  القا تولید متابولیت ثانویه نشود بهبود پیدا میکند. اگرچه استفاده از بافت های جوان و سالم برای استخراج توصیه می شود.